โบราณสถานสำคัญของวัดอัมพวันเจติยาราม ได้แก่

พระปรางค์ ลักษณะเป็นปรางค์ก่ออิฐถือปูนย่อมุมไม้ยี่สิบมีวิหารคตล้อมรอบ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นเพื่อบรรจุพระสรีรังคารของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย

พระอุโบสถ สร้างขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก และได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว และบูรณะซ่อมแซมเรื่อยมาจนถึงในปัจจุบัน ภายในพระอุโบสถมีภาพจิตรกรรมฝาผนังที่เขียนขึ้นใหม่ในช่วงปี
พ.ศ.๒๕๔๐–๒๕๔๒ เป็นภาพแสดงพระราชประวัติของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย

พระที่นั่งทรงธรรม สร้างขึ้นในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ในคราวที่มีการบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ ลักษณะเป็นวิหารก่ออิฐถือปูนหลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้องมีชายคาปีกนกคลุมทั้งสี่ด้าน ภายในประดิษฐานพระพุทธรูป “หลวงพ่อทรงธรรม หรือ หลวงพ่อดำ” และรอยพระพุทธบาทจำลอง อาคารหลังนี้ได้รับการยกย่องให้เป็นอาคารอนุรักษ์ดีเด่นในปี
พ.ศ.๒๕๓๘ โดยสมาคมสถาปนิกสยามแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์ฯ

พระตำหนักไม้ เดิมเป็นของเก่าปลูกสร้างอยู่ที่วัดบวรนิเวศวิหาร กรุงเทพฯ ต่อมาในสมัยสมเด็จพระวชิรญาณวงศ์ เป็นสมเด็จพระสังฆราชจึงได้ย้ายพระตำหนักไม้หลังนี้มาสร้างไว้ที่วัดอัมพวันเจติยาราม ลักษณะเป็นเรือนไม้ทรงไทยขนาดใหญ่ ยกพื้นสูง หลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้อง หน้าบันมีลวดลายกระจกประดับ ช่อฟ้าใบระกาหางหงส์ไม้ประดับกระจกอย่างงดงาม ฝาพระตำหนักเป็นฝาไม้ปะกน

กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนวัดอัมพวันเจติยารามเป็นโบราณสถานของชาติในราชกิจจานุเบกษา เล่ม๗๔ ตอนที่๙๖ เมื่อวันที่๑๒ พฤศจิกายน ๒๕๐๐