โบราณสถานสำคัญของวัด ได้แก่ พระวิหารประดิษฐานรอยพระพุทธบาท กล่าวกันว่า เจ้านายในราชวงศ์จักรีองค์หนึ่งมาบวชจำพรรษาอยู่ที่วัดบางกะพ้อมเป็นผู้สร้างขึ้นประมาณสมัยรัชกาลที่ ๓-๔ ลักษณะเป็นอาคารก่ออิฐถือปูนหลังคาทรงทึบ มุงกระเบื้องดินเผา มีอิทธิพลของสถาปัตยกรรมจีน หน้าบันปูนปั้นเป็นรูปบุคคลขนาดใหญ่แต่งกายคล้ายทหารฝรั่งและลายพันธุ์พฤกษา ซุ้มประตูพระวิหารทำลักษณะคล้ายเก๋งจีน มีกรอบประตูเป็นรูปวงกลมประดับด้วยลวดลายปูนปั้น และประติมากรรมนูนสูง รูปทหารหรือตุ๊กตาอับเฉาระบายสีตกแต่งทั้งด้านหน้าและหลัง ซุ้มหน้าต่างตกแต่งด้วยลวดลายปูนปั้นและลายเทศกรอบหน้าต่างเป็นรูปไข่

ภายในพระวิหารประดิษฐานรอยพระพุทธบาทไม้ประดับมุกซ้อนกัน ๔ รอย ฝาผนังด้านในแบ่งเป็น ๒ ส่วน ส่วนล่างมีซุ้มโค้งประดิษฐานพระพุทธรูปปูนปั้นแสดงปางต่างๆ โดยรอบ ส่วนบนมีภาพปูนปั้นนูนสูงทาสีปิดทองเป็นภาพเรื่องราวเกี่ยวกับพุทธประวัติ ซึ่งเป็นลักษณะเด่นที่มีความงดงามแตกต่างไปจากวัดอื่นๆ นอกจากนี้ ยังมีอาคารสถาปัตยกรรมอีกหลายหลังที่เป็นโบราณสถานสำคัญของวัด เช่น เก๋งจีนด้านหลังพระวิหาร พระเจดีย์ พระวิหารพระพุทธไสยาสน์ และพระวิหารแกลบ ซึ่งส่วนใหญ่มีรูปแบบทางสถาปัตยกรรมแบบศิลปะอยุธยาตอนปลาย-รัตนโกสินทร์ตอนต้น

กรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนวัดบางกะพ้อมเป็นโบราณสถานของชาติในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๓ ตอนพิเศษ ๕๐ ง เมื่อวันที่ ๑๘ ธันวาคม ๒๕๓๙๘