มรดกทางสถาปัตยกรรมที่สำคัญอื่นๆ ของวัดเกาะแก้วสุทธาราม ได้แก่

พระวิหาร ซึ่งตั้งอยู่ทางด้านทิศเหนือของพระอุโบสถ เป็นอาคารก่ออิฐถือปูนมีแบบแผนเดียวกันกับพระอุโบสถแต่มี ลักษณะเรียบง่ายกว่า

เจดีย์ทรงเครื่อง ตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันออกด้านหน้าระหว่างพระอุโบสถ และพระวิหาร ลักษณะเป็นเจดีย์ก่ออิฐถือปูนทรงกลมขนาดใหญ่ มีการประดับตกแต่งด้วยกลีบบัว กระจังปฏิญาณ และพวงอุบะ บริเวณส่วนปากระฆังและองค์เจดีย์แต่เดิมเป็นเจดีย์ขนาดย่อมภายในประดิษฐานพระบรมธาตุ ในปี พ.ศ.๒๔๖๘ ท่านพระครูเทพโรปมคุณ (หลุย สุวณโณ) จึงได้สร้างเจดีย์องค์ปัจจุบันขึ้นครอบทับไว้

ศาลาการเปรียญ ลักษณะเป็นเรือนโถงทรงไทย เจ้าอธิการโฉม สร้างขึ้นเมื่อปี
พ.ศ.๒๔๓๑ ที่คอสองและฝ้าปีกนก มีภาพจิตรกรรมสีฝุ่นบนแผ่นไม้ เรื่อง พระปฐมสมโพธิกถา เวสสันดรชาดก และภาพธรรมชาติสัตว์ป่า เพดานประดับด้วยไม้จำหลักลายดาวล้อมเดือนบนพื้นแดงมุมเพดานเป็นลายไก่ฟ้า ขื่อ คาน และเสา ปรุทองล่องชาดลายหน้ากระดานและพุ่มข้าวบิณฑ์ ฝ้าปีกนกบางส่วนปรุลายทองลายพุดตานใบเทศ ทางด้านทิศตะวันตกและตะวันออกมีศาลาสกัดด้านละหนึ่งหลัง ซึ่งสันนิษฐานว่าสร้างเพิ่มเติมขึ้นในภายหลังดังมีจารึกบอกปีการสร้างที่ลายหน้าจั่วของศาลาสกัดด้านทิศตะวันออก ระบุ พ.ศ.๒๔๕๗

นอกจากนี้ภายในวัดเกาะแก้วสุทธารามยังมีพิพิธภัณฑ์ของวัดที่จัดแสดงโบราณวัตถุ ประเภท พระพุทธรูป สมุดข่อย เครื่องลายคราม เครื่องเบญจรงค์ และเครื่องสังเคต ซึ่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๕) ทรงถวายในงานพระศพพระเจ้าบรมวงศ์เธอพระองค์เจ้าอุรุพงษ์รัชสมโภช อันเป็นแหล่งการเรียนรู้ทางด้านศิลปวัฒนธรรมที่สำคัญอีกแห่งหนึ่ง

กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนวัดเกาะแก้วสุทธารามเป็นโบราณสถานของชาติในราชกิจจานุเบกษาเล่ม ๗๑ ตอนที่ ๓ เมื่อวันที่ ๕ มกราคม ๒๔๙๗ และเล่ม ๑๐๑ ตอนที่ ๒๗ เมื่อวันที่ ๑ มีนาคม ๒๕๒๗